Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Möglichkeiten der Sequenzanalyse ein.
Das Buch beginnt mit einer Einführung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschließend werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gängigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). Multiple Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Bäume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erläuterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gängigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im Internet oder freie Software angegeben.
Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen müssen.
Rezensionen / Stimmen
Das Buch deckt alle Aspekte der Sequenzbearbeitung und -verarbeitung ab und macht es so zu einem Standardwerk der Bioinformatik. (BIOspektrum)
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ISBN-13
978-3-0348-7620-9 (9783034876209)
DOI
10.1007/978-3-0348-7620-9
Schweitzer Klassifikation
1 Einstieg in die Sequenzanalyse.- 2 Primäre Datenbanken.- 2.1 Genbank.- 2.2 EMBL.- 2.3 DDBJ.- 2.4 Nicht-redundante primäre Datenbanken.- 3 Einfache Alignments.- 3.1 Substitutionsmatrizen.- 3.2 Dotplot.- 3.3 Das globale Alignment.- 3.4 Das lokale Alignment.- 4 Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich.- 4.1 FASTA.- 4.2 BLAST.- 5 Multiple Alignments.- 5.1 Globale multiple Alignments.- 5.2 Lokale multiple Alignments.- 5.3 Darstellung des multiplen Alignments.- 6 Phylogenetische Analysen.- 6.1 Topologie phylogenetischer Bäume.- 6.2 Methoden zur Berechnung.- 7 Abgeleitete Datenbanken.- 7.1 Motiv-Datenbanken.- 7.2 Datenbanken für Stoffwechselwege.- 7.3 Vorhersage-Datenbanken.- A Glossar.- B Weblinks.
