Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria

 
 
Standards Information Network (Verlag)
  • erschienen am 20. Juni 2017
  • |
  • 440 Seiten
 
E-Book | PDF mit Adobe DRM | Systemvoraussetzungen
978-1-119-33212-1 (ISBN)
 
A guide to state-of-the-art molecular tools for monitoring and managing the toxigenicity of cyanobacteria
Runaway eutrophication and climate change has made the monitoring and management of toxigenic organisms in the world's bodies of water more urgent than ever. In order to influence public policy regarding the detection and quantification of those organisms, it is incumbent upon scientists to raise the awareness of policy makers concerning the increased occurrence of toxigenic cyanobacteria and the threats they pose. As molecular methods can handle many samples in short time and help identify toxigenic organisms, they are reliable, cost-effective tools available for tracking toxigenic cyanobacteria worldwide. This volume arms scientists with the tools they need to track toxigenicity in surface waters and food supplies and, hopefully, to develop new techniques for managing the spread of toxic cyanobacteria.
This handbook offers the first comprehensive treatment of molecular tools for monitoring toxigenic cyanobacteria. Growing out of the findings of the landmark European Cooperation in Science and Technology Cyanobacteria project (CYANOCOST), it provides detailed, practical coverage of the full array of available molecular tools and protocols, from water sampling, nucleic acid extraction, and downstream analysis--including PCR and qPCR based methods--to genotyping (DGGE), diagnostic microarrays, and community characterization using next-gen sequencing techniques.
* Offers an overview of the latest trends in the field, while providing a foundation for understanding and applying the tools and techniques described
* Provides detailed coverage of the full range of molecular tools currently available, with expert guidance on the analysis and interpretation of results
* Includes step-by-step guidance on standard operational procedures, including molecular tests used in environmental monitoring, with individual chapters devoted to each procedure
* Complements the published Handbook of Cyanobacterial Monitoring and Cyanotoxin Analysis from the CyanoCOST project
This handbook is an indispensable working resource for scientists, lab technicians, and water management professionals and an excellent text/reference for graduate students and supervisors who use molecular tools. It will also be of great value to environmental health and protection officials and policy makers.
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EDITED BY
RAINER KURMAYER, PhD, is an Associate Professor at the University of Innsbruck, Research Institute for Limnology, Mondsee, Austria.
KAARINA SIVONEN, PhD, is a Professor of Microbiology at the University of Helsinki, Finland.
ANNICK WILMOTTE, PhD, is a FRS-FNRS Research Associate at InBios - Center for Protein Engineering, University of Liège, Belgium.
NICO SALMASO, PhD, is Head of the Hydrobiology Unit of the Istituto Agrario di S. Michele All'Adige, Fondazione E. Mach (FEM), Trento, Italy.
1 - Cover???????????????????????? [Seite 1]
2 - Title Page?????????????????????????????????? [Seite 5]
3 - Copyright???????????????????????????????? [Seite 6]
4 - Contents?????????????????????????????? [Seite 9]
5 - List of Contributors?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 21]
6 - About the Editors???????????????????????????????????????????????? [Seite 25]
7 - About the Book?????????????????????????????????????????? [Seite 29]
8 - Preface???????????????????????????? [Seite 31]
9 - Acknowledgments???????????????????????????????????????????? [Seite 33]
10 - Chapter 1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 37]
10.1 - 1.1 A Brief Historical Overview???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 37]
10.2 - 1.2 The Genetic Basis of Toxin Production???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 38]
10.2.1 - 1.2.1 Microcystin and Nodularin???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 38]
10.2.2 - 1.2.2 Cylindrospermopsin?????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 41]
10.2.3 - 1.2.3 Saxitoxin???????????????????????????????????????????? [Seite 42]
10.2.4 - 1.2.4 Anatoxin?????????????????????????????????????????? [Seite 44]
10.3 - 1.3 Application of Molecular Tools?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 44]
10.4 - 1.4 Laboratory Safety Issues?????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 49]
10.5 - 1.5 References?????????????????????????????????????????? [Seite 50]
11 - Chapter 2 Sampling and Metadata???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 55]
11.1 - 2.2 Handling of Samples???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 56]
11.2 - 2.3 Sample Contamination?????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 57]
11.3 - 2.4 Sampling?????????????????????????????????????? [Seite 57]
11.3.1 - 2.4.1 Quantitative Depth-Integrated and Discrete Sampling???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 57]
11.3.2 - 2.4.2 Qualitative Plankton Net Sampling???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 58]
11.3.3 - 2.4.3 Surface (Scum Material) Sampling?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 58]
11.3.4 - 2.4.4 Benthic (Terrestrial) Cyanobacteria Sampling?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 58]
11.3.5 - 2.4.5 Food Supplement Sampling?????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 58]
11.3.6 - 2.4.6 Isolation of Single Colonies/Filaments?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 58]
11.4 - 2.5 Subsampling Food Supplement Samples???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 59]
11.5 - 2.6 Sampling of Nucleic Acids???????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 59]
11.6 - 2.7 General Conclusions???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 60]
11.7 - 2.8 References?????????????????????????????????????????? [Seite 60]
11.8 - SOP 2.1 Sampling and Filtration (DNA)???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 62]
11.8.1 - SOP 2.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 62]
11.8.2 - SOP 2.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 62]
11.8.3 - SOP 2.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 63]
11.8.4 - SOP 2.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 64]
11.8.5 - SOP 2.1.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 65]
11.9 - SOP 2.2 Sampling of Benthic Cyanobacteria???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 65]
11.9.1 - SOP 2.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 65]
11.9.2 - SOP 2.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 66]
11.9.3 - SOP 2.2.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 66]
11.9.4 - SOP 2.2.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 67]
11.9.5 - SOP 2.2.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 67]
11.10 - SOP 2.3 Isolation of Single Cyanobacteria Colonies/Filaments?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 68]
11.10.1 - SOP 2.3.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 68]
11.10.2 - SOP 2.3.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 68]
11.10.3 - SOP 2.3.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 69]
11.10.4 - SOP 2.3.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 69]
11.10.5 - SOP 2.3.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 69]
11.11 - SOP 2.4 Sampling Food Supplements???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 70]
11.11.1 - SOP 2.4.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 70]
11.11.2 - SOP 2.4.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 71]
11.11.3 - SOP 2.4.3 Procedure (Fig. 8.3)?????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 71]
11.11.4 - SOP 2.4.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 72]
11.11.5 - SOP 2.4.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 72]
11.12 - SOP 2.5 Sampling and Filtration (RNA)???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 73]
11.12.1 - SOP 2.5.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 73]
11.12.2 - SOP 2.5.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 73]
11.12.3 - SOP 2.5.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 74]
11.12.4 - SOP 2.5.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 74]
11.12.5 - SOP 2.5.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 74]
11.13 - SOP 2.6 Sampling of Abiotic and Biotic Data and Recording Metadata?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 75]
11.13.1 - SOP 2.6.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 75]
11.13.2 - SOP 2.6.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 75]
11.13.3 - SOP 2.6.3 Type of Metadata and Additional Biotic and Abiotic Data???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 76]
11.13.4 - SOP 2.6.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 77]
11.13.5 - SOP 2.6.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 78]
12 - Chapter 3 Isolation, Purification, and Cultivation of Toxigenic Cyanobacteria???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 79]
12.1 - 3.1 Introduction?????????????????????????????????????????????? [Seite 79]
12.2 - 3.2 Methodical Principles for Cyanobacterial Isolation, Purification, and Cultivation???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 80]
12.2.1 - 3.2.1 Sampling, Identification, and Treatments Prior to the Isolation of Cyanobacteria?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 80]
12.2.2 - 3.2.2 Traditional Techniques for the Isolation and Purification of Cyanobacteria?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 81]
12.2.3 - 3.2.3 Culture Media Preparation???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 83]
12.2.4 - 3.2.4 Cultivation Conditions?????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 84]
12.3 - 3.3 General Conclusions???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 85]
12.4 - 3.4 References?????????????????????????????????????????? [Seite 85]
12.5 - SOP 3.1 Isolation, Purification, and Clonal Isolate Testing???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 87]
12.5.1 - SOP 3.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 87]
12.5.2 - SOP 3.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 87]
12.5.3 - SOP 3.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 88]
12.5.4 - SOP 3.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 90]
12.5.5 - SOP 3.1.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 90]
12.6 - SOP 3.2 Isolation of Picocyanobacterial Cells by Flow Cytometer (FCM) Sorting???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 91]
12.6.1 - SOP 3.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 91]
12.6.2 - SOP 3.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 92]
12.6.3 - SOP 3.2.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 92]
12.6.4 - SOP 3.2.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 94]
12.6.5 - SOP 3.2.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 95]
12.7 - SOP 3.3 Axenization???????????????????????????????????????????????????? [Seite 96]
12.7.1 - SOP 3.3.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 96]
12.7.2 - SOP 3.3.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 96]
12.7.3 - SOP 3.3.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 97]
12.7.4 - SOP 3.3.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 99]
12.7.5 - SOP 3.3.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 99]
12.8 - SOP 3.4 Culture Media (Solid and Liquid)?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 100]
12.8.1 - SOP 3.4.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 100]
12.8.2 - SOP 3.4.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 100]
12.8.3 - SOP 3.4.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 101]
12.8.4 - SOP 3.4.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 104]
12.8.5 - SOP 3.4.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 104]
12.9 - SOP 3.5 Strain Maintenance (Living Cultures)?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 105]
12.9.1 - SOP 3.5.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 105]
12.9.2 - SOP 3.5.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 105]
12.9.3 - SOP 3.5.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 106]
12.9.4 - SOP 3.5.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 108]
12.9.5 - SOP 3.5.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 109]
12.10 - SOP 3.6 Cryopreservation and Recovery???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 109]
12.10.1 - SOP 3.6.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 109]
12.10.2 - SOP 3.6.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 110]
12.10.3 - SOP 3.6.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 111]
12.10.4 - SOP 3.6.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 114]
12.10.5 - SOP 3.6.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 114]
13 - Chapter 4 Taxonomic Identification of Cyanobacteria by a Polyphasic Approach?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 115]
13.1 - 4.1 Introduction?????????????????????????????????????????????? [Seite 115]
13.2 - 4.2 Nomenclature and Classification of Cyanobacteria?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 118]
13.3 - 4.3 Microscopy?????????????????????????????????????????? [Seite 120]
13.3.1 - 4.3.1 Light Microscopy?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 120]
13.3.2 - 4.3.2 Autofluorescence Microscopy???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 122]
13.4 - 4.4 Molecular Markers: Single Loci?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 123]
13.5 - 4.5 Molecular Markers: Multiple Loci?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 130]
13.5.1 - 4.5.1 Multilocus Sequence Typing (MLST) and Multilocus Sequence Analysis (MLSA)???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 130]
13.5.2 - 4.5.2 Genome-Based Extension of MLST and MLSA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 132]
13.6 - 4.6 Molecular Typing Methods Based on Gel Electrophoresis???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 132]
13.7 - 4.7 Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 133]
13.8 - 4.8 Taxonomic and Molecular Databases???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 133]
13.9 - 4.9 The Polyphasic Approach???????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 134]
13.10 - 4.10 Final Considerations???????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 141]
13.11 - 4.11 References???????????????????????????????????????????? [Seite 142]
13.12 - SOP 4.1 Taxonomic Identification by Light Microscopy?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 156]
13.12.1 - SOP 4.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 156]
13.12.2 - SOP 4.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 157]
13.12.3 - SOP 4.1.3 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 160]
13.13 - SOP 4.2 Polyphasic Approach on Cyanobacterial Strains???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 161]
13.13.1 - SOP 4.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 161]
13.13.2 - SOP 4.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 162]
13.13.3 - SOP 4.2.3 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 167]
14 - Chapter 5 Nucleic Acid Extraction???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 171]
14.1 - 5.1 Introduction?????????????????????????????????????????????? [Seite 171]
14.2 - 5.2 Specific Extraction Procedures and Storage?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 173]
14.2.1 - 5.2.1 DNA Extraction from Laboratory Strains?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 173]
14.2.2 - 5.2.2 DNA Extraction from Field Samples???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 173]
14.2.3 - 5.2.3 DNA Extraction from Food Supplements?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 173]
14.2.4 - 5.2.4 RNA Extraction from Laboratory Strains?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 174]
14.2.5 - 5.2.5 RNA Extraction from Field Samples???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 174]
14.2.6 - 5.2.6 Single Colony and Filament Analysis???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 174]
14.2.7 - 5.2.7 Whole Genome Amplification?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 175]
14.2.8 - 5.2.8 Nucleic Acid Storage?????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 175]
14.3 - 5.3 References?????????????????????????????????????????? [Seite 175]
14.4 - SOP 5.1 Standard DNA Isolation Technique for Cyanobacteria?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 176]
14.4.1 - SOP 5.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 176]
14.4.2 - SOP 5.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 176]
14.4.3 - SOP 5.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 177]
14.4.4 - SOP 5.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 177]
14.4.5 - SOP 5.1.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 178]
14.5 - SOP 5.2 DNA Isolation Protocol for Cyanobacteria with Extensive Mucilage?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 179]
14.5.1 - SOP 5.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 179]
14.5.2 - SOP 5.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 179]
14.5.3 - SOP 5.2.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 180]
14.5.4 - SOP 5.2.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 181]
14.5.5 - SOP 5.2.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 181]
14.6 - SOP 5.3 Quantitative DNA Isolation from Filters???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 181]
14.6.1 - SOP 5.3.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 182]
14.6.2 - SOP 5.3.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 182]
14.6.3 - SOP 5.3.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 183]
14.6.4 - SOP 5.3.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 184]
14.6.5 - SOP 5.3.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 184]
14.7 - SOP 5.4 Genomic DNA Extraction from Single Filaments/Colonies for Multiple PCR Analyses???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 185]
14.7.1 - SOP 5.4.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 185]
14.7.2 - SOP 5.4.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 185]
14.7.3 - SOP 5.4.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 186]
14.7.4 - SOP 5.4.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 187]
14.7.5 - SOP 5.4.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 187]
14.8 - SOP 5.5 Whole Genome Amplification Using Bacteriophage Phi29 DNA Polymerase???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 187]
14.8.1 - SOP 5.5.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 187]
14.8.2 - SOP 5.5.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 188]
14.8.3 - SOP 5.5.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 188]
14.8.4 - SOP 5.5.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 188]
14.8.5 - SOP 5.5.5 Reference???????????????????????????????????????????????????? [Seite 189]
14.9 - SOP 5.6 DNA Extraction from Food Supplements?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 189]
14.9.1 - SOP 5.6.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 189]
14.9.2 - SOP 5.6.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 189]
14.9.3 - SOP 5.6.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 190]
14.9.4 - SOP 5.6.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 191]
14.9.5 - SOP 5.6.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 192]
14.10 - SOP 5.7 RNA Extraction from Cyanobacteria???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 192]
14.10.1 - SOP 5.7.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 192]
14.10.2 - SOP 5.7.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 192]
14.10.3 - SOP 5.7.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 194]
14.10.4 - SOP 5.7.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 194]
14.10.5 - SOP 5.7.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 195]
14.11 - SOP 5.8 cDNA Synthesis?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 195]
14.11.1 - SOP 5.8.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 195]
14.11.2 - SOP 5.8.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 195]
14.11.3 - SOP 5.8.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 196]
14.11.4 - SOP 5.8.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 197]
14.11.5 - SOP 5.8.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 197]
15 - Chapter 6 Conventional PCR?????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 199]
15.1 - 6.1 Introduction?????????????????????????????????????????????? [Seite 199]
15.2 - 6.2 Principle of PCR and Available Enzymes?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 200]
15.2.1 - 6.2.1 Primer Development?????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 201]
15.2.2 - 6.2.2 Setup of PCR Conditions for DNA and Single Colony Analysis?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 204]
15.2.3 - 6.2.3 Gel Electrophoresis and Documentation???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 204]
15.2.4 - 6.2.4 Troubleshooting of PCR Results?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 204]
15.2.5 - 6.2.5 PCR Product Downstream Processing (RFLP, Cloning, Sequencing)???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 205]
15.3 - 6.3 Special Notes???????????????????????????????????????????????? [Seite 206]
15.4 - 6.4 References?????????????????????????????????????????? [Seite 206]
15.5 - SOP 6.1 PCR Detection of Microcystin Biosynthesis Genes Combined with RFLP Differentiation of the Producing Genus???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 208]
15.5.1 - SOP 6.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 208]
15.5.2 - SOP 6.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 208]
15.5.3 - SOP 6.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 209]
15.5.4 - SOP 6.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 210]
15.5.5 - SOP 6.1.5 Reference???????????????????????????????????????????????????? [Seite 210]
15.6 - SOP 6.2 PCR Detection of Microcystin and Nodularin Biosynthesis Genes in the Cyanobacterial Orders Oscillatoriales, Chroococcales, Stigonematales, and Nostocales???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 211]
15.6.1 - SOP 6.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 211]
15.6.2 - SOP 6.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 211]
15.6.3 - SOP 6.2.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 213]
15.6.4 - SOP 6.2.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 213]
15.6.5 - SOP 6.2.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 214]
15.7 - SOP 6.3 Genus-Specific PCR Detection of Microcystin Biosynthesis Genes in Anabaena/Nodularia and Microcystis and Planktothrix, Respectively???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 215]
15.7.1 - SOP 6.3.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 215]
15.7.2 - SOP 6.3.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 215]
15.7.3 - SOP 6.3.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 217]
15.7.4 - SOP 6.3.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 217]
15.7.5 - SOP 6.3.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 217]
15.8 - SOP 6.4 PCR Detection of Anatoxin Biosynthesis Genes Combined with RFLP Differentiation of the Producing Genus?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 218]
15.8.1 - SOP 6.4.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 218]
15.8.2 - SOP 6.4.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 218]
15.8.3 - SOP 6.4.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 219]
15.8.4 - SOP 6.4.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 220]
15.8.5 - SOP 6.4.5 Reference???????????????????????????????????????????????????? [Seite 220]
15.9 - SOP 6.5 PCR Detection of the Saxitoxin Biosynthesis Genes, sxtA, sxtX, sxtH, sxtG, and sxtI???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 221]
15.9.1 - SOP 6.5.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 221]
15.9.2 - SOP 6.5.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 223]
15.9.3 - SOP 6.5.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 223]
15.9.4 - SOP 6.5.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 224]
15.9.5 - SOP 6.5.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 225]
15.10 - SOP 6.6 PCR Detection of the Cylindrospermopsin Biosynthesis Gene cyrJ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 225]
15.10.1 - SOP 6.6.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 225]
15.10.2 - SOP 6.6.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 226]
15.10.3 - SOP 6.6.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 227]
15.10.4 - SOP 6.6.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 227]
15.10.5 - SOP 6.6.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 228]
15.11 - SOP 6.7 PCR from Single Filament of Toxigenic Planktothrix?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 229]
15.11.1 - SOP 6.7.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 229]
15.11.2 - SOP 6.7.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 229]
15.11.3 - SOP 6.7.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 230]
15.11.4 - SOP 6.7.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 231]
15.11.5 - SOP 6.7.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 231]
15.12 - SOP 6.8 Analysis of Microcystin Biosynthesis Gene Subpopulation Variability in Planktothrix???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 232]
15.12.1 - SOP 6.8.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 232]
15.12.2 - SOP 6.8.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 232]
15.12.3 - SOP 6.8.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 233]
15.12.4 - SOP 6.8.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 233]
15.12.5 - SOP 6.8.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 234]
15.13 - SOP 6.9 PCR Detection of Microcystin Biosynthesis Genes from Food Supplements???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 235]
15.13.1 - SOP 6.9.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 235]
15.13.2 - SOP 6.9.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 235]
15.13.3 - SOP 6.9.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 237]
15.13.4 - SOP 6.9.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 238]
15.13.5 - SOP 6.9.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 239]
16 - Chapter 7 Quantitative PCR?????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 241]
16.1 - 7.1 Introduction?????????????????????????????????????????????? [Seite 241]
16.2 - 7.2 Primer/Probe Design???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 242]
16.3 - 7.3 Optimization?????????????????????????????????????????????? [Seite 244]
16.4 - 7.4 Absolute Quantification???????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 244]
16.5 - 7.5 Relative Quantification???????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 245]
16.6 - 7.6 Calibration of qPCR Results???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 245]
16.7 - 7.7 General Conclusions???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 246]
16.8 - 7.8 References?????????????????????????????????????????? [Seite 246]
16.9 - SOP 7.1 Optimization of qPCR Assays???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 247]
16.9.1 - SOP 7.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 247]
16.9.2 - SOP 7.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 247]
16.9.3 - SOP 7.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 248]
16.9.4 - SOP 7.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 249]
16.9.5 - SOP 7.1.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 249]
16.10 - SOP 7.2 Calibration of qPCR Results???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 250]
16.10.1 - SOP 7.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 250]
16.10.2 - SOP 7.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 250]
16.10.3 - SOP 7.2.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 251]
16.10.4 - SOP 7.2.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 253]
16.10.5 - SOP 7.2.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 253]
16.11 - SOP 7.3 Quantification of Potentially Microcystin/Nodularin-Producing Anabaena, Microcystis, Planktothrix, and Nodularia?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 254]
16.11.1 - SOP 7.3.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 254]
16.11.2 - SOP 7.3.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 255]
16.11.3 - SOP 7.3.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 255]
16.11.4 - SOP 7.3.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 257]
16.11.5 - SOP 7.3.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 257]
16.12 - SOP 7.4 Relative Quantification of Microcystis or Planktothrix mcy Genotypes Using qPCR???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 258]
16.12.1 - SOP 7.4.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 258]
16.12.2 - SOP 7.4.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 258]
16.12.3 - SOP 7.4.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 260]
16.12.4 - SOP 7.4.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 261]
16.12.5 - SOP 7.4.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 261]
16.13 - SOP 7.5 Quantification of Transcript Amounts of mcy Genes in Planktothrix???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 262]
16.13.1 - SOP 7.5.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 262]
16.13.2 - SOP 7.5.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 262]
16.13.3 - SOP 7.5.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 263]
16.13.4 - SOP 7.5.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 264]
16.13.5 - SOP 7.5.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 264]
16.14 - SOP 7.6 Quantification of Potentially Cylindrospermopsin-Producing Chrysosporum ovalisporum???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 265]
16.14.1 - SOP 7.6.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 265]
16.14.2 - SOP 7.6.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 265]
16.14.3 - SOP 7.6.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 266]
16.14.4 - SOP 7.6.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 267]
16.14.5 - SOP 7.6.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 267]
16.15 - SOP 7.7 qPCR Detection of the Paralytic Shellfish Toxin Biosynthesis Gene sxtB?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 267]
16.15.1 - SOP 7.7.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 267]
16.15.2 - SOP 7.7.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 268]
16.15.3 - SOP 7.7.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 269]
16.15.4 - SOP 7.7.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 270]
16.15.5 - SOP 7.7.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 270]
16.16 - SOP 7.8 Application of the Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) Guidelines to Quantitative Analysis of Toxic Cyanobacteria?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 270]
16.16.1 - SOP 7.8.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 270]
16.16.2 - SOP 7.8.2 Sampling?????????????????????????????????????????????????? [Seite 271]
16.16.3 - SOP 7.8.3 Sample Preparation and DNA Extraction???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 271]
16.16.4 - SOP 7.8.4 Target Information and Oligonucleotide Design???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 271]
16.16.5 - SOP 7.8.5 qPCR Protocol???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 274]
16.16.6 - SOP 7.8.6 qPCR Validation???????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 275]
16.16.7 - SOP 7.8.7 Data Analysis???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 275]
16.16.8 - SOP 7.8.8 Reference???????????????????????????????????????????????????? [Seite 275]
17 - Chapter 8 DNA (Diagnostic) and cDNA Microarray?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 277]
17.1 - 8.1 DNA (Diagnostic) Microarray???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 277]
17.1.1 - 8.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????? [Seite 277]
17.1.2 - 8.1.2 Methodological Principles???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 278]
17.1.3 - 8.1.3 General Conclusions???????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 279]
17.1.4 - 8.1.4 References?????????????????????????????????????????????? [Seite 279]
17.2 - 8.2 cDNA Microarray for Cyanobacteria???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 280]
17.2.1 - 8.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????? [Seite 280]
17.2.2 - 8.2.2 Principles of Microarray Use?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 280]
17.2.3 - 8.2.3 Considerations for Experimental Design?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 281]
17.2.4 - 8.2.4 Microarray: Practical Approach?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 282]
17.2.5 - 8.2.5 Microarray: Data Analysis???????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 282]
17.2.6 - 8.2.6 References?????????????????????????????????????????????? [Seite 282]
17.3 - SOP 8.1 DNA-Chip Detection of Potential Microcystin and Nodularin Producing Cyanobacteria in Environmental Water Samples?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 284]
17.3.1 - SOP 8.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 284]
17.3.2 - SOP 8.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 285]
17.3.3 - SOP 8.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 286]
17.3.4 - SOP 8.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 289]
17.3.5 - SOP 8.1.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 289]
17.4 - SOP 8.2 cDNA Microarrays for Cyanobacteria?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 290]
17.4.1 - SOP 8.2.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 290]
17.4.2 - SOP 8.2.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 290]
17.4.3 - SOP 8.2.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 292]
17.4.4 - SOP 8.2.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 295]
17.4.5 - SOP 8.2.5 Reference???????????????????????????????????????????????????? [Seite 297]
18 - Chapter 9 Analysis of Toxigenic Cyanobacterial Communities through Denaturing Gradient Gel Electrophoresis?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 299]
18.1 - 9.1 Introduction?????????????????????????????????????????????? [Seite 299]
18.2 - 9.2 Main Applications of the Method???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 300]
18.3 - 9.3 Possible Applications???????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 300]
18.4 - 9.4 DGGE Procedure?????????????????????????????????????????????????? [Seite 301]
18.5 - 9.5 General Conclusions Including Pros and Cons of the Method???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 303]
18.6 - 9.6 Optimization of the Method and Troubleshooting?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 303]
18.7 - 9.7 References?????????????????????????????????????????? [Seite 304]
18.8 - SOP 9.1 DGGE-mcyA Conditions?????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 306]
18.8.1 - SOP 9.1.1 Introduction?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 306]
18.8.2 - SOP 9.1.2 Experimental?????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 306]
18.8.3 - SOP 9.1.3 Procedure???????????????????????????????????????????????????? [Seite 308]
18.8.4 - SOP 9.1.4 Notes???????????????????????????????????????????? [Seite 311]
18.8.5 - SOP 9.1.5 References?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 311]
19 - Chapter 10 Monitoring of Toxigenic Cyanobacteria Using Next-Generation Sequencing Techniques?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 313]
19.1 - 10.1 Introduction???????????????????????????????????????????????? [Seite 313]
19.2 - 10.2 Specific Procedures?????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 315]
19.2.1 - 10.2.1 16S rRNA Gene Amplicon Library Preparation???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 315]
19.2.2 - 10.2.2 Amplicon Purification, Quantification and Pooling?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 316]
19.2.3 - 10.2.3 Sequencing???????????????????????????????????????????????? [Seite 316]
19.2.4 - 10.2.4 Bioinformatic Exploration of Sequencing Results?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 317]
19.2.5 - 10.2.5 General Conclusions Including Pros and Cons of the Method?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 317]
19.2.6 - 10.2.6 References???????????????????????????????????????????????? [Seite 317]
19.3 - 10.3 Bioinformatic Processing of Amplicon Sequencing Datasets???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 319]
19.3.1 - 10.3.1 Introduction???????????????????????????????????????????????????? [Seite 319]
19.3.2 - 10.3.2 Sequencing Platforms???????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 319]
19.3.3 - 10.3.3 Data Formats???????????????????????????????????????????????????? [Seite 320]
19.3.4 - 10.3.4 Error Associated with NGS Data???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 321]
19.3.5 - 10.3.5 OTU Delineation: Choosing a Similarity Threshold???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 322]
19.3.6 - 10.3.6 Conclusions?????????????????????????????????????????????????? [Seite 322]
19.4 - 10.4 References???????????????????????????????????????????? [Seite 322]
19.5 - SOP 10.1 Standard Technique to Generating 16S rRNA PCR Amplicons for NGS?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 324]
19.5.1 - SOP 10.1.1 Introduction???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 324]
19.5.2 - SOP 10.1.2 Experimental???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 324]
19.5.3 - SOP 10.1.3 Procedure?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 325]
19.5.4 - SOP 10.1.4 Notes?????????????????????????????????????????????? [Seite 326]
19.5.5 - SOP 10.1.5 References???????????????????????????????????????????????????????? [Seite 326]
19.6 - SOP 10.2 Bioinformatics Analysis for NGS Amplicon Sequencing?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 327]
19.6.1 - SOP 10.2.1 Introduction???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 327]
19.6.2 - SOP 10.2.2 Experimental???????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 327]
19.6.3 - SOP 10.2.3 Practical Tips and Alternatives for Quality Filtering?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 334]
19.6.4 - SOP 10.2.4 References???????????????????????????????????????????????????????? [Seite 334]
20 - Chapter 11 Application of Molecular Tools in Monitoring Cyanobacteria and Their Potential Toxin Production?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 337]
20.1 - 11.1 Introduction???????????????????????????????????????????????? [Seite 337]
20.2 - 11.2 Possible Applications?????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 339]
20.3 - 11.3 Checklist of Publications, Applications and Lessons from Practice?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 351]
20.3.1 - 11.3.1 Molecular-Based Studies on (Toxic) Cyanobacteria: Overview of Methods Being Used, and Generic Findings and Concerns?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 351]
20.3.2 - 11.3.2 The Need for Complementary Approaches?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 352]
20.3.3 - 11.3.3 Interpreting Results???????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 352]
20.3.4 - 11.3.4 Choice of Molecular Tools for Toxigenicity Assessment?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 353]
20.3.5 - 11.3.5 Common and Possible Applications of Molecular Tools?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 354]
20.4 - 11.4 General Conclusions?????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 357]
20.5 - 11.5 Acknowledgments?????????????????????????????????????????????????????? [Seite 360]
20.6 - 11.6 References???????????????????????????????????????????? [Seite 360]
21 - Appendix: Supplementary Tables?????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 371]
22 - Cyanobacterial Species Cited in the Book?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? [Seite 412]
23 - Glossary?????????????????????????????? [Seite 415]
24 - Index???????????????????????? [Seite 429]
25 - Supplemental Images [Seite 439]
26 - EULA [Seite 449]

Dateiformat: PDF
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Systemvoraussetzungen:

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