Tools for the elucidation of gene function and regulation - molecular haplotyping and epigenotyping
Dissertation zur Erlangung des Doktors der Naturwissenschaften der Naturwissenschaftlich-Technischen Fakultät III /Chemie, Pharmazie und Werkstoffwissenschaften der Universität des Saarlandes
1st Edition
Published on 6. September 2004
Book
Paperback/Softback
160 pages
978-3-937494-07-4 (ISBN)
Description
Tools for the analysis of genetic and epigenetic variations will help decipher the complex interrelation between the genetic code, gene function, and regulation. This will support the identification of the genetic basis of disease-associated phenotypes. The first high-throughput method for the direct physical determination of haplotypes, the phase of alleles of individual polymorphisms, in genomic regions of substantial size was developed. It is based on a novel highly allele-specific DNA polymerase system and subsequent analysis by either conventional sequencing or detection of primer extension products by MALDI mass spectrometry. Two novel assays for the accurate analysis of DNA methylation variable positions (MVPs) and their precise quantification on bisulphite treated genomic DNA are presented.
Information Deutsch: Methoden, die genetische und epigenetische Variationen analysieren, werden helfen, die komplexen Zusammenhänge zwischen dem von der DNA beschriebenen genetischen Code, Genfunktion und -regulation zu entschlüsseln. Dies wird dazu beitragen, die molekulare Grundlage einer Vielzahl von Krankheiten zu identifizieren. In dieser Arbeit wurde das erste Verfahren zur molekularen Bestimmung von Haplotypen (Phase der Allele von Single Nucleotide Polymorphisms) entwickelt, das sich für automatisierte Hochdurchsatzverfahren eignet. Ein neues DNA Polymerasensystem erlaubt die routinemäßige allel-spezifische Amplifikation in bisher nicht gekannter Einfachheit und Länge. Die so hergestellten haploiden Fragmente können mittels Sanger-Sequenzierung oder in einem auf MALDI Massenspektrometrie als Detektionsmethode basierendem Assay nachgewiesen werden.
Information Deutsch: Methoden, die genetische und epigenetische Variationen analysieren, werden helfen, die komplexen Zusammenhänge zwischen dem von der DNA beschriebenen genetischen Code, Genfunktion und -regulation zu entschlüsseln. Dies wird dazu beitragen, die molekulare Grundlage einer Vielzahl von Krankheiten zu identifizieren. In dieser Arbeit wurde das erste Verfahren zur molekularen Bestimmung von Haplotypen (Phase der Allele von Single Nucleotide Polymorphisms) entwickelt, das sich für automatisierte Hochdurchsatzverfahren eignet. Ein neues DNA Polymerasensystem erlaubt die routinemäßige allel-spezifische Amplifikation in bisher nicht gekannter Einfachheit und Länge. Die so hergestellten haploiden Fragmente können mittels Sanger-Sequenzierung oder in einem auf MALDI Massenspektrometrie als Detektionsmethode basierendem Assay nachgewiesen werden.